Вернуться к обычному виду

Пакеты прикладных программ

Химия и науки о материалах

НаименованиеВерсияОписаниеПоддержка технологий параллельного программированияЛицензияПрезентации
ABINIT8.8.4Программный пакет для расчетов оптических, механических, вибрационных и других наблюдаемых свойств материалов, основанный на использовании теории функционала плотности (DFT), базиса плоских волн и псевдопотенциалов. MPI,
OpenMP,
CUDA
GNU GPLPDF
BigDFT1.8.2Программный пакет, позволяющий рассчитывать полную энергию, плотность заряда и электронную структуру систем электронов и ядер (молекул и периодических / кристаллических твердых тел). Основан на применении теории функционала плотности (DFT), псевдопотенциалов и вейвлет-базиса.MPI,
OpenMP,
CUDA
GNU GPLPDF
CP2K6.1Программный пакет для моделирования атомных и молекулярных взаимодействий в твердотельных, жидких, биологических и других системах. Базируется на использовании теории функционала плотности (DFT), смешанного GPW-подхода (Gaussian and plane waves), классических парных и многочастичных потенциалов и др.MPI,
OpenMP,
CUDA
GNU GPLPDF1
PDF2
PDF3
CPMD4.1Car-Parrinello Molecular Dynamics – программный пакет молекулярной динамики, построенный на реализации теории функционала плотности (DFT) с использованием плоских волн и псевдопотенциалов.MPI,
OpenMP
По ссылкеPDF
Dalton / LSDalton2016Программы квантовой химии для расчетов свойств молекул различными: методами DFT (Density Functional Theory), HF (Hartree-Fock), MCSCF (Multi-configurational Self-Consistent Field), СС (Coupled Cluster). MPI,
OpenMP (LSDalton only),
CUDA (LSDalton only)
GNU LGPL
Elk5.2.14Программный код для определения свойств кристаллических твердых тел методом FP-LAPW (Full-Potential Linearised Augmented-Plane Wave) теории функционала плотности.MPI, 
OpenMP
GNU GPL / LGPL
ESPResSo4.0Extensible Software Package for Research on Soft Matter – программный пакет молекулярной динамики для моделирования полимеров, жидких кристаллов, биологических систем (в частности, ДНК и липидных мембран) и других.MPI,
CUDA (частично)
GNU GPL
Firefly8.2.0Firefly (прежнее название - PC-GAMESS) – высокопроизводительный пакет вычислительной химии для определения строения отдельных молекул, молекулярных ассоциатов или фрагментов твердых тел, описания механизмов химических реакций на молекулярном уровне. Реализует методы теории функционала плотности (DFT), метод Хартри-Фока, обобщенный метод валентных связей (GVB), многоконфигурационное самосогласованное поле (MCSCF).MPI,
CUDA (частично)
По ссылке
GAMESS-USSept 30th, 2017The General Atomic and Molecular Electronic Structure System –программный пакет, позволяющий рассчитывать энергию, геометрию и структуры молекул, частоты их колебаний, а также разнообразные свойства молекул в газовой фазе и в растворе, как в основном, так и в возбужденных состояниях. MPI,
OpenMP,
CUDA
По ссылке
GROMACS2018.3GROningen MAchine for Chemical Simulations – универсальный пакет молекулярной динамики для моделирования физико-химических процессов, в том числе динамики крупных молекулярных систем.MPI,
CUDA
GNU LGPLPDF1
PDF2
PDF3
LAMMPS22 Aug 2018Large-scale Atomic / Molecular Massively Parallel Simulator – программный пакет для решения задач молекулярной динамики. Позволяет моделировать атомные, полимерные, биологические, металлические, гранулированные и крупнозернистые системы, используя различные силовые поля и граничные условия. MPI,
OpenMP,
CUDA
GNU GPLPDF1
PDF2
PDF3
Molcas / OpenMolcas8.2Программа вычислительной химии для ab initio расчетов.MPI,
OpenMP,
CUDA
По ссылке
MPB1.6.1MIT Photonic Bands - программный пакет для вычисления зонных структур,  дисперсионных соотношений и электромагнитных режимов периодических диэлектрических структур.MPI,
OpenMP
GNU GPL
NAMD2.13NAnoscale Molecular Dynamics – пакет программ молекулярной динамики для высокопроизводительного моделирования больших биомолекулярных систем.MPI,
OpenMP,
CUDA
По ссылке PDF1
PDF2
NWChem6.8New Wave Chemistry – пакет программ для смешанного квантово-механического и молекулярно-динамического моделирования. Позволяет проводить расчеты геометрии молекулярных структур, расстояний между атомами, сил взаимодействия, свободных энергий поверхностей и др. MPI,
CUDA
ECL 2.0PDF
Octopus8.2Программный пакет для расчетов электронных структур методами ab initio в рамках теорий функционала плотности (DFT, TDDTF). MPI,
OpenMP,
CUDA
GNU GPLPDF
OpenMX3.8.5Open source package for Material eXplorer – квантово-механический программный пакет для моделирования наноструктур, основанный на использовании теории функционала плотности (DFT) и псевдопотенциалов для известных типов атомов.MPI,
OpenMP
GNU GPLPDF
ORCA4.0.1Программный пакет квантовой химии для расчетов электронных структур различными методами (DFT, Coupled Cluster, semiempirical SCF-MO, …). Основным объектом исследования являются крупные молекулы и комплексы переходных металлов, их спектроскопические свойства. MPIПо ссылке
Quantum ESPRESSO6.3Пакет программ для расчетов электронных структур и моделирования материалов на уровне nanoscale. Основан на использовании теории функционала плотности (DFT), плоских волн и псевдопотенциалов. MPI,
OpenMP,
CUDA
GNU GPLPDF
SIESTA4.0.2Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms – программный пакет для расчетов электронных структур и моделирования молекул и твердых тел методами из первых принципов.MPI,
OpenMP
GNU GPL
WIEN2K18.2Программный пакет для расчетов электронной структуры твердых тел с использованием теории функционала плотности (DFT) на основе метода LAPW (The Linearized Augmented Plane Wave).MPIПо ссылке
VASP5.4.4Vienna Ab-initio Simulation Package – квантово-механический программный комплекс для моделирования процессов в объеме и на поверхности твердых тел в рамках неэмпирических подходов, основанных на применении функционалов плотности, периодических граничных условий с базисами на плоских волнах. MPI,
OpenMP,
CUDA
По ссылкеPDF

Биология и науки о жизни

НаименованиеВерсияОписаниеПоддержка технологий параллельного программированияЛицензияПрезентации
ABySS2.1.1Assembly By Short Sequences – параллельный сборщик геномных последовательностей (из коротких секвенированных фрагментов генома). В качестве основной структуры данных использует граф де Брюйна. MPI, 
OpenMP,
CUDA
GNU GPLPDF
BEAST1.10.1Bayesian Evolutionary AnalysisS ampling Trees – кросс-платформенная программа  для байесовского анализа молекулярных последовательностей с использованием методов Монте-Карло в Марковских цепях (MCMC). Используется совместно с BEAGLE – высокопроизводительной библиотекой базовых функций для проведения филогенетического анализа в т.ч. с применением графических процессоров.MPI,
CUDA
GNU LGPL
BLAST 2.8.0 Basic Local Alignment Search Tool – семейство программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот, для которых известна первичная структура (последовательность) или её фрагмент. Известны реализации BLAST для различных параллельных архитектур, в частности, mpiBLAST, ScalaBlast и GPU-Blast. См. также Blast2GOMPI,
OpenMP,
CUDA
Public Domain
HMMER3.2.1Программный пакет для поиска в базах данных гомологов белковых последовательностей, а также для их выравнивания. Реализует методы на основе вероятностных моделей, т.н. профилей скрытых Марковских моделей  (Hidden Markov Models, HMM).MPI BSD 3-Clause
MAKER2.31.10Программный конвейер для аннотации геномов. Используется для de novo аннотации секвенированных геномов, обновления существующих аннотаций, комбинирования.MPI GNU GPL
Migrate3.6Приложение, позволяющее оценивать эффективную численность популяций, динамику миграционных потоков между популяциями. Использует метод максимального правдоподобия или байесовский вывод для комплексной оценки множества параметров.MPIMIT License
mothur1.41.0Программный пакет для обработки данных биоинформатики, в т.ч. для анализа микробных сообществ. Использует данные, получаемые различными  методами секвенирования ДНК, включая 454 pyrosequencing. MPIGNU GPL
MPI-PHYLIP3.697Параллельная реализация популярного пакета для построения и визуализации филогенетических деревьев PHYLIP (PHYLogeny Inference Package).MPI
MrBayes 3.2.6Набор алгоритмов филогенетического анализа и реконструкции предковых последовательностей с помощью байесовского метода. В анализ могут быть включены качественные и молекулярные (количественные) данные, аминокислотные и нуклеотидные последовательности, митохондриальные и ядерные гены одновременно.  Поиск оптимального решения идет с помощью связанных марковских цепей Монте-Карло. Поддерживает работу с библиотекой BEAGLE. Имеет реализацию для графических процессоров - GPU MrBayes.MPI,
CUDA
GNU GPLPDF
pBWA0.5.9Parallel Burrows-Wheeler Aligner – параллельная реализация популярного программного пакета BWA для картирования коротких прочтений на большие референсные геномы (такие как, например, геном человека). В основе алгоритмов BWA лежит преобразование Барроуза-Уилера, суффиксные массивы и алгоритм выравнивания Смита-Ватермана. MPI,
OpenMP
GNU GPL, MIT License
RAxML8.0.0Параллельный алгоритм филогенетического анализа с помощью метода максимального правдоподобия.MPI,
OpenMP
GNU GPL
Ray2.3.1Параллельный сборщик геномных последовательностей.MPI GNU GPL
VinaLC1.1.2Параллельная реализация популярной программы молекулярного докинга AutoDock Vina. См. также VinaMPI.MPIApache License 2.0

Дискретная математика и информатика

НаименованиеВерсияОписаниеПоддержка технологий параллельного программированияЛицензияПрезентации
HordeSAT / HordeQBFМассивно-параллельные SAT/QBF-решатели, реализующие метод “портфолио” и основанные на использовании исходных кодов решателей MiniSAT и DepQBF .MPIPDF1
PDF2
MPIDepQBFПараллельный QBF-решатель, реализующий метод расщепления и использующий в качестве базового решателя DepQBF.MPIBSD License (Toss)PDF
PaMiraXTПараллельный SAT-решатель, реализующий модель master/slave и использующий в качестве клиента многопоточный SAT-решатель MiraXT.MPI
PaQuBEПараллельный QBF-решатель, реализующий модель master/slave и использующий в качестве клиента QBF-решатель QuBE.MPI
PDSAT0.9Параллельный SAT-решатель, основанный на использовании метода Монте-Карло и эвристик локального поиска.MPI
PMSatПараллельная версия SAT-решателя MiniSAT, предназначенного для решения задач выполнимости булевых формул.MPIMIT License

Инженерные науки

НаименованиеВерсияОписаниеПоддержка технологий параллельного программированияЛицензияПрезентации
OpenFOAM1806Open Source Field Operation and Manipulation CFD ToolBox - открытая интегрируемая платформа для численного моделирования задач механики сплошных сред.  Позволяет решать задачи гидродинамики ньютоновских и неньютоновских вязких жидкостей; задачи теплопроводности в твёрдом теле; задачи, связанные с деформацией расчётной сетки; сопряжённые задачи и многие другие. MPIGNU GPLPDF1
PDF2
SALOME8.5.0Открытая интегрируемая платформа для численного моделирования (конечно-элементный пре-/постпроцессор).MPIGNU LGPL

Физика и науки о космосе

НаименованиеВерсияОписаниеПоддержка технологий параллельного программированияЛицензияПрезентации
Corsika7.6400COsmic Ray SImulations for KAscade – программный пакет для моделирования широких атмосферных ливней (ШАЛ), инициированных космическими лучами (потоками заряженных частиц высокой энергии).  Включает модуль CoREAS – для расчета радиоизлучения ШАЛ.MPIПо ссылке
LCODE2.6.8Параллельный код для моделирования ультрарелятивистских пучков в плазме. Ориентирован на анализ коллективных пучково-плазменных эффектов в перспективных ускорителях высоких энергий.MPI
ROOT MPI6.14Параллельная реализация ROOT – модульной научной программной среды для обработки, статистического анализа, визуализации и хранения больших данных. MPIGNU LGPL